外来種であり、釣り愛好家によって放流されたのではないかといわれる ブラックバス は雑食性で強く、そのために在来魚種が減少した、しかしブラックバスを駆除するのは難しいという新聞記事が載っていた。琵琶湖を取り上げたものであったが、最近はあちこちの湖沼にブラックバスの放流・再放流禁止の掲示がだされるようになった。最近訪れた池の平イモリ池にもその旨の表示があった。確かにブラックバスが在来魚種を喰ったり、在来魚種の餌を奪ってしまうという事実はある。しかし、琵琶湖を例にとっても、ブラックバス大繁殖の１０年ほど前からアオコや赤潮の発生が見られた（ブラックバスの大津市瀬田川侵入は１９８７年、南湖侵入１９７９年、北湖侵入１９７４年）。アオコや赤潮発生の大きな原因は、人間による自然環境の破壊が在来魚種の減少・絶滅を促進し、魚類の食物連鎖を阻み、生態系を狂わしたからである。ブラックバスによる在来魚種減少の影響は２～３割程度であると考えられる。このことは、西野氏や服部氏のデータからも裏付けられる。
高度経済成長期まっただ中の１９７０年代、琵琶湖の水は赤くなり（赤潮の発生）、異臭が漂った。工場排水、農業廃水、当時使われていた燐を含む合成洗剤などが原因であった。主婦達を中心に粉石鹸を使う運動が繰り広げられた。また、工場排水や農業廃水の規制、家畜の糞尿処理などについての住民運動が起こった。
そして、１９８０年、滋賀県では、「琵琶湖の富栄養化の防止に関する条例」が施行された。しかし、じわじわとした汚染は進行中であり、環境ホルモンなどの問題も表面化してきている。
滋賀県では、１９８６年、湖沼の環境を守り、バランスのとれた開発を進めるための国際的な交流と研究を目的とした （財）国際湖沼環境委員会 が設立された。国際湖沼環境委員会では、湖沼の環境保全に関する国際協力の推進を行っており、 国際協力事業団(現在、国際協力機構)（ＪＩＣＡ） 研修コース「湖沼水質保全」(1９９０年～ ）、「水環境を主題とする環境教育」（２０００年～ ）の運営を担っている。この研修コースでは、滋賀県大津市立雄琴小学校の協力を得て、 環境教育 の授業に発展途上国からの研修員が参加している。なお、滋賀県では約１００の環境関連ＮＧＯ・ＮＰＯがある。
太平洋戦争が始まる前年の１９４０年、田沢湖は魚の住めない死の湖となった。戦争遂行用電力需要が高まり、発電の水量を確保するため、強酸性の「玉川毒水」と呼ばれる玉川の水が田沢湖に流入されることになったからだ。魚が絶滅するまで、６ヶ月とかからなかった。警察の監視も厳しく、自然を守る運動や漁業権など、対等な交渉をできるような時代ではなかったのである。やっと１９９０年になって玉川酸性水中和施設が稼働するようになった。
人間による自然環境汚染などの影響で、琵琶湖でかつてよく見られたフナ（鮒）も少なくなり、滋賀県名物の鮒寿司も漁獲高の現象などから昔と較べると値段がはるかに高騰している。
フナはコイ科の魚であるが、コイ科といえば、６００～４００万年前にできた琵琶湖で、同第三紀の地層から現在の ノゴイ の祖先に近い化石が見つかっている。この血統をひくか又はその血統に近く、スマートな形をしている ノゴイ（野鯉） は、絶滅の危機に瀕している。ノゴイもブラックバス同様、釣り人には「ひき」がよく人気があるそうである。ブラックバスは釣り人の手により、「ひき」がよいため放流されたということを聞くが、ノゴイについてはそのようなことを聞いたことがない。ブラックバスもコイ（鯉）も両方が侵略的外来生物と言われる。どちらも放流することにより、自然の生態系を壊す恐れがある。しかしここでは、ノゴイ（野鯉）とコイ（鯉）を別の種とし、区別して考えたい。江戸時代に日本にやってきたシーボルトはその著『日本動物誌』の中で、コイとノゴイを別の種類とし、ノゴイの学名をキプリヌス メタノータスと命名している。ノゴイは古くからの血統をひく在来種であるが、コイ（キプリヌス カルピオ）は外来種であり、人間によって養殖され改良されてきたものである。コイ（鯉）は、琵琶湖をはじめ各地に放流され、野生化した。コイは体が大きく見栄えがするので、「鯉が棲めるほどきれいな水」を?ピールするために、地方公共団体が放流することもある。しかし、コイはブラックバス同様低酸素環境に対する強い耐性があり、生物化学的酸素要求量の高い河川や湖沼が好きである。人間が環境を汚染すると、汚い水の所に棲める魚は限定され、生物多様性が損なわれる。そして、生態系が大きく変化する。
コイかノゴイかという点では、琵琶湖ではコイが主流になっていて、ノゴイは密かに生きている。しかし、こどもの日に飾る「こいのぼり」の鯉は、日本伝統のスマートなノゴイである。ノゴイも外来種であるコイに侵略されたと考えるよりも、人間が湖沼の環境を悪くしたと考える方が妥当ではないだろうか。
人間の手によって、絶滅させられた田沢湖のクニマスは奇跡的に富士五湖のうちの西湖にひっそりと生存していた。ノゴイは琵琶湖の湖底付近をたよりに生き延びてきた。しかし、ミラクルに期待するのではなく人間の環境への地道な努力が必要ではないだろうか。
多種多様な魚が住める湖沼を取り戻したいと思う。魚に優しい湖は、人間にとっても快適な湖である。地元の人たちから「マザーレイク」と呼ばれている琵琶湖を例にとれば、近畿地方１４００万人の飲料水源になっており、全国出荷鮎約半分(かつてはもっと多かった)の故郷でもある。人類が天に唾を吐くようなことは避けたい。魚が住めない環境を作ることは、人間にも必ず災いをもたらすであろう。
１９９８年７月作成、２００１年８月一部追加変更、２０１３年６月一部追加